1997年，南京市区划调整，原雨花区红光中学划拨秦淮区。
2000年，由于厂校剥离，原513厂子弟学校与红光中学合并。
2002年—2004年，区教育布局调整，十八中初中部与红光中学合并，沿用南京市第十八中学校名。
学校在2003年底，就通过了省示范初中的验收，先后被评为南京市示范学校、南京市德育先进学校、南京市优秀家长学校、南京市基础教育课程改革实验研究基地、南京市示范图书馆、南京市示范实验室、南京市优秀心理咨询室、南京市模范职工之家、南京市民主法治先进单位、南京市优秀教科室。
学校现有十二个教学班，为南京市小班化教学实验学校。2009年，开展小班化、住宿制改革，是是秦淮区义务教育阶段首家进行寄宿制的学校。
学校占地面积为9822平方米，建筑面积为9633平方米。教育教学设施齐全，满足初中教育教学需要。
学校传承与光大“敬业、精业”精神，发扬“团结、勤奋、求实、进取”作风，实施精品战略，逐步发展为江苏省示范初中。如今“小班化教学”、“住宿制管理”已经成为这所学校的新亮点，受到了社会的广泛关注与好评。学校一贯倡导进步和发展的绿色教育理念，强调让每一个师生拥有一个进步和发展的基础，人人进步，个个发展。