南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年，现设临床医学（八年制）、基础医学（七年制）和口腔医学（七年制）三个专业。现有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%，是南京大学11个进入全球前1%的学科之一。
凭借南京大学雄厚的自然科学基础，浓郁的学术和人文氛围，学院尤其注重加强学生的基础理论、创新思维及科研能力和人文素质的培养，教学内容反映现代水平，并开设大量与现代医学理论和临床有关的通识通修课，使学生既具有广博而坚实的生命科学和自然科学基础，又掌握现代医学理论和必要的临床知识与实践机能。国际交流频繁，与澳大利亚西澳大学医学院、香港中文大学医学院等签署学生交流协议，每年遴选优秀学生赴上述大学医学院进行为期3月和5周的交流。
除了学校的各类奖、助学金外，学院专设有“吴阶平基金会优秀贫困大学生助学专项基金”和“校友助学专项基金”等助学金，资助品学兼优、家境贫寒的学生完成学业；还专设有“香港孙明杰基金会威尔曼优秀研究生奖学金”，奖励优秀研究生。
建院以来，南京大学医学院已培养多届毕业生，这些毕业生绝大多数在全国各大城市的三级甲等医院中从事临床工作，在工作中都有出色的表现，其中一部分在业务上已有所建树或成为所在单位的骨干。用人单位在评价南京大学医学院的毕业生时一致认为：该院毕业生基础扎实、思维敏捷、知识面宽、外语好、计算机能力强，有较强的研究能力和创新能力，并十分关注医学发展的前沿动态，在医学临床和研究领域有很强的竞争力。
南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年；
1949年解放后改名为南京大学医学院；
1951年划归部队系统；
1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。
2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。
医学院现师资力量雄厚，现有中国工程院院士2人，博士生导师56人，教授151人，副教授220人。近三年获国家科技进步一等奖1项、二等奖1项，获教育部高等学校科技进步一等奖5项、二等奖2项。近三年获国家重大科研项目8项，国家自然科学基金204项，总累计科研经费约1.7亿元。他们中既有中国工程院院士，博士生导师黎磊石教授、黎介寿教授等我国著名的医学科学家，又有近几年来在医学界崭露头角的一批中青年专家。医学院尤其注重加强基础和学生思维能力以及外语水平与计算机应用的培养和训练，教学内容反映近代水平，并开设大量与现代医学理论和临床有关的选修课，使学生具有广博而坚实的生命科学和自然科学基础，又掌握本学科的现代理论和必要的临床实践知识。（详情见下表）
| 院士[2] | |||||||
| 黎介寿 | 刘志红 | ||||||
| 杰青/长江学者 | |||||||
| 高,翔 | 蒋,青 | 徐,璎 | |||||
| 基础医学部 | |||||||
| 曹,萤 | 曹望森 | 陈慧君 | 高,千 | 高,翔 | 韩晓冬 | ||
| 何玉龙 | 侯亚义 | 黄行许 | 蒋,青 | 李朝军 | 李尔,广 | ||
| 李宽钰 | 刘,耕 | 谭仁祥 | 王亚平 | 魏继武 | 吴稚伟 | ||
| 邢,峥 | 徐,璎 | 杨中州 | 张伟云 | 赵庆顺 | 朱敏生 | ||
| 朱亚文 | |||||||
| 临床学院（南京军区南京总医院） | |||||||
| 蔡,辉 | 陈光辉 | 陈惠萍 | 陈龙邦 | 段满林 | 高建平 | ||
| 杭春华 | 胡伟新 | 胡新勇 | 黄宇峰 | 黄振平 | 季大玺 | ||
| 季曙明 | 江时森 | 江志伟 | 景,华 | 黎介寿 | 黎磊石 | ||
| 李,宁 | 李德闽 | 李芳秋 | 李金恒 | 李南云 | 李秋荣 | ||
| 李维勤 | 李伟彦 | 李晓军 | 李幼生 | 刘,光陵 | 刘新峰 | ||
| 刘志红 | 卢光明 | 任建安 | 施,毅 | 石群立 | 史继新 | ||
| 宋,勇 | 孙海晨 | 汤黎明 | 唐,政 | 汪芳裕 | 王,坚 | ||
| 王汉东 | 王秋萍 | 王与荣 | 吴性江 | 吴元,褚 | 徐建国 | ||
| 杨,斌 | 姚,兵 | 易学明 | 张春妮 | 赵建宁 | 周晓军 | ||
| 朱维铭 | |||||||
| 附属鼓楼医院 | |||||||
| 陈隆典 | 仇毓东 | 戴令娟 | 戴玉田 | 丁义涛 | 葛春晓 | ||
| 顾,勤 | 管文贤 | 郭宏骞 | 韩,克 | 胡娅莉 | 蒋,青 | ||
| 李一壮 | 刘宝瑞 | 刘长建 | 马正良 | 欧阳,建 | 钱晓萍 | ||
| 邱,勇 | 佘万东 | 孙海翔 | 孙凌云 | 孙西钊 | 谭,谦 | ||
| 王东进 | 吴,超 | 吴亚夫 | 谢,敏 | 徐,标 | 徐,运 | ||
| 徐肇敏 | 于成功 | 张,葵 | 张,苗 | 张德平 | 周乙华 | ||
| 周正扬 | 朱,斌 | 朱大龙 | 邹晓平 | ||||
| 附属口腔医院 | |||||||
| 葛久禹 | 胡勤刚 | 骆小平 | 孙卫斌 | 唐恩溢 | 王文梅 | ||
| 闫福华 | 杨明华 | ||||||
| 教学医院（南京市第二医院） | |||||||
| 沈,玲 | 杨毅军 | 殷国庆 | 赵,伟 | ||||
| 教学医院（南京脑科医院） | |||||||
| 候,刚 | 谢世平 | 喻东山 | 张,宁 | 张颖冬 | 赵薛旭 | ||
| 教学医院（南京市儿童医院） | |||||||
| 方如平 | 金,玉 | ||||||
医学院注重医学基础，发展边缘学科，加强临床教学。现有生理学、肾内科、普外科博士点及博士后流动站，组织胚胎学、细胞生物学、微生物学和免疫学、心血管病、消化系病、肾病、影像医学与核医学，普外科、骨外科、泌尿外科、胸心外科、肿瘤学等硕士点，培养基础和临床学科的硕士研究生。
临床医学七年制学生在完成本科阶段学习后，经过考核后可直接进入研究生阶段继续深造，合格者获得硕士学位，优秀者可提前直接攻读博士学位。
建院以来，已培养多届毕业生一百多名硕士毕业生，除少数出国深造或继续攻读博士学位外，大多数在全国各地城市大医院中从事临床工作，这些毕业生在工作中都有较好的表现，深得用人单位好评，其中一部分在业务上已有所建树或成为所在单位的骨干。
1．临床医学专业
临床医学专业从1987年南京大学医学院恢复重建开始招生。从1997年开始，每年从六年级学生中选拔优秀生直接进入博士学习阶段。2012年起，医学院正式开始试办八年制医学教育，即八年一贯，本硕博连读，毕业时获医学博士学位。临床医学为一级学科博士点、其中外科学为国家重点学科、内科学为江苏省重点学科、临床医学为江苏省一级学科重点学科，拥有1个江苏省重点实验室（医学分子技术江苏省重点实验室）。拥有1所直属附属医院（南京大学医学院附属鼓楼医院），2所附属医院和临床学院（南京大学医学院附属口腔医院、南京军区南京总医院），3所教学医院（南京脑科医院、南京市儿童医院、南京市第二医院）。
【课程体系】
临床医学专业课程体系分为三大模块：
模块1：通识教育；模块2：基础医学；模块3：临床医学，与学校的三阶段课程体系形成一个二维结构图。
由如下系列构成：
（1）通识通修课：七类通识课程，思想政治理论课，军事技能课，分层次通修课，共68学分；
（2）学科专业课：医学学科平台课和专业核心课137.5学分；
（3）开放选修课：专业选修课临床医学专业26学分。学院临床医学专业和口腔医学专业选修课均开放供全校学生学习，每门课程限额200人；
（4）实验室轮转（Lab Rotation）及学年论文：4学分；
（5）实习52周12学分
（6）学科定向实习和毕业论文18学分。
2．口腔医学专业
1997年开始招收7年制口腔医学专业学生。实行七年一贯，本硕连读，毕业时获医学硕士学位。目前有口腔医学一级学科硕士点，拥有1所附属医院即南京大学医学院附属口腔医院。
【课程体系】
口腔医学专业课程体系分为三大模块：
模块1：通识教育；模块2：基础医学；模块3：口腔医学。
由如下系列构成：
（1）通识通修课：七类通识课程，思想政治理论课，军事技能课，分层次通修课，共68学分；
（2）学科专业课：医学学科平台课和专业核心课151.5学分；
（3）开放选修课：专业选修课17.5学分。学院临床医学专业和口腔医学专业各专业选修课均开放供全校学生学习，每门课程限额200人；
（4）实验室轮转（Lab Rotation）及学年论文：4学分；
（5）实习52周12学分；
（6）学科定向实习和毕业论文12学分。
林兆耆
指导思想
南京大学医学院凭借南京大学雄厚的基础学科优势、依托多所高水平综合性、专科性医院的支持，精心探索，走出了一条独具特色的办学之路，是一所小规模、精品式医学院。建院二十年来始终遵循南京大学整体教学指导思想，坚持文、理、医结合办学，率先提出“自然科学向基础医学渗透、基础医学向临床医学渗透，加强对学生的科研训练，培养学生的创新能力”的教学指导方针，形成了鲜明的“小规模、研究型、国际化”的办学特色。
培养目标与思路
目标是培养善于通过实践、思考、知识结合，不断提高才能，并具有献身、创新、求实、协作精神的高级医学人才。培养方式是“七年一贯、本硕融通、加强基础、面向临床、文理医相结合、全面提高素质”，培养德智体全面发展的医学复合型人才并能够承担：
（1）大型综合性医院及专科医院的临床、口腔医疗工作；
（2）高校和科研机构之教学、研究工作；
（3）大型医药企业相关工作。
培养规格和路径
（含专业准入分流机制）
（1）掌握马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想，树立正确的世界观、人生观，坚持四项基本原则，热爱祖国，热爱医学，具有崇高的理想和社会责任感，具有良好的思想道德修养和行为规范，遵纪守法，具有良好的医德医风，团结协作，愿意为我国现代化建设和医学事业献身。
（2）具有良好的思想品质和职业道德、较广泛的社会科学知识、较宽厚的自然科学基础、较深厚的医学基础理论、较熟练的专业实践技能和解决临床医学实际问题能力以及了解现代医学发展趋势和现代医疗保健需要、能熟练地运用外国语言进行文献检索和对外交流。
（3）身心健康，达到国家规定的体育和军事训练合格标准，能够履行建设祖国和保卫祖国的神圣义务。
（4）通过课程学习、科研训练、临床医学及口腔医学见习、实习以及论文写作等达成培养目标和规格。学制7年。
专业准入机制
（1）在第四学期结束前修完七类通识课程不少于14个学分。
（2）在第四学期结束前修完医学院规定的分层次通修课程。
（3）对基础医学、临床医学或口腔医学专业有较浓的兴趣或志向。
（4）具有较好的外语水平和一定外语交流能力。
（5）身体健康，志愿为祖国人民的健康事业服务。
（6）第七学期结束前可以院内第二次分流，要求修满学科平台课程和基础医学专业核心课程和专业选修课程，可在医学院内三个专业之间分流。
鼓楼医院南京市鼓楼医院，又名南京大学医学院附属鼓楼医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等医院。前身是1892年由美国基督会资助的加拿大籍传教士威廉·爱德华·麦克林医学博士（William E. Macklin，中文译音“马林”）创建的一所“基督医院”，马林任首任院长，民间又称“马林医院”。
鼓楼医院由建院时50张病床，百余名员工，发展到现在已拥有开放床位1800余张，2700余名职工，其中：卫生专业技术人员2300余人，正、副主任医师300余人，正、副教授180余人，博士、硕士生导师120余人，38位著名专家享受国务院特殊津贴。2009年门急诊病人200万余人次，出院病人5万余例。
鼓楼医院科室设置齐全，技术力量雄厚。现有临床科室32个，医技科室、研究所、实验室32个。外科学是国家重点学科共建单位，肝胆外科、骨科是江苏省临床医学中心，妇产学科为江苏省“科技兴卫工程”重点学科。脊柱畸形矫治、肝移植、生殖医学、亲体肾移植、消化系统疾病的内镜诊断和介入技术、干细胞移植、三维适形调强放疗等技术处于国内领先水平。妇产科、骨科、呼吸内科、急诊医学科、免疫科、麻醉科、泌尿外科、肝胆外科、消化内科、血管外科、内分泌科、血液内科、心胸外科、心血管内科、肿瘤科、整形烧伤科为江苏省临床重点专科，医学影像科、医学检验科、耳鼻咽喉—头颈外科、关节病科、神经内科、肾病学专业、药剂科、病理科、老年病专业、感染性疾病科为南京市医学重点专科。2006年被国家人事部批准设立“博士后科研流动工作站”，目前医院有一级临床医学博士学位授予点2个，二级学科博士学位授予点16个，硕士学位授予点25个，医院被卫生部批准为专科医师、临床药师培训基地、心血管介入诊疗技术（心律失常介入）培训基地、江苏省首家外科基本技能培训基地。
南大医学院设立“公能爱心基金”[3]
2013年4月9日，南开大学医学院收到一笔特殊的捐赠，这笔捐赠来自于2011级博士生苏龙翔同学。
苏龙翔家庭并不富裕，但他曾多次提出向学院捐出自己的部分奖学金，用来帮助那些经济上更需要帮助的人。经讨论和征求意见，南开大学医学院以“团结互助、救急助困、薪火相传”为理念设立“公能爱心基金”，旨在贯彻“允公允能，日新月异”的校训，切实关心和帮助因突发事件和患重大疾病导致经济困难的学生或其他需要帮助的人，同时，通过爱心基金，让爱的种子延续。
刚上大一的时候来这里找同学，真的是好远好远好荒凉，在这里估计一年可以省好多生活费，因为真的很远很偏僻。不过现在这个学校全部都升一本了，而且朋友说本校本科生保送研究生特别简单。
大学本科到研究生一直在这里读书，毕业后留校工作，学校秉承一切以学生为本
我们的图书馆必须要顶阿，今天又在里面窝了一天。本科喜欢在主楼自习，研究生反而喜欢来图书馆自习，尤其喜欢科技阅览室和社科阅览室，离厕所打水地方都近，而且随时看阅览室的书，好爽！