南京大学是全国最早开展环境科学研究和教学的单位之一。1978年教育部批准成立环境科学研究所，1984年成立环境科学系，1993年更名为环境科学与工程系，1999年成立环境学院，下设环境科学系和环境工程系。自1978年以来，环境学院已逐步形成了本科生、硕士生、博士生、博士后和继续教育完整的环境教育体系。现有环境科学和环境工程两个系，以及“污染控制与资源化研究国家重点实验室”等10余个研究单位。
1994年环境科学成为江苏省重点学科，1996年列入南京大学“211工程”学科群建设计划，后列入南京大学“985工程”重点建设学科。2000年，环境科学与工程学科获一级学科博士学位授予权。2001年环境科学成为国家重点学科，同年环境工程成为江苏省重点学科。目前环境科学是国家重点学科，环境工程是国家重点学科培育点，环境科学与工程是江苏省一级重点学科。
环境学院现有教职工100人，其中教师77人，包括中国工程院院士1人，教授31人，副教授23人，博导26人。在校本科生360余名，硕士生320余名，博士生100余名和博士后研究人员10余名。2000年以来，主持国家、省部级研究课题数百余项，科研经费逾亿元。在国内外学术刊物上发表论文千余篇，其中SCI源刊物论文近500篇，在全国环境类单位中名列前茅。获国家、省部奖 50余项，研究成果具有国际和国内学术影响。
南京大学环境学院国际学术交流和合作日益活跃。2000年以来承担了欧盟项目“中国东部经济发达地区饮用水源中多氯化有机物的调查与风险评价”、“水体优先污染物对食品品质和人体健康的影响及其管理对策研究”等数十项国际合作项目，举办国际学术会议多次。与十多所国际著名大学和研究机构建立了长期合作关系。
目前学院主要涵盖环境科学与环境工程两个二级学科，其中环境科学学科包括环境化学、环境生物学和环境规划与管理三个方向，其主要研究方向如下：
环境化学方向主要开展有机污染化学、重金属形态及生物有效性、环境分析化学等领域的研究。在有机污染物的结构与其理化性质、生物活性之间的定量关系研究、稀土元素的形态分析、环境行为和生物有效性研究、优先控制有机毒物筛选和微量环境持久污染物监测技术、受损环境修复机理与技术、饮用水中致突变前驱物的形成机理以及光催化氧化等高级氧化技术研究形成特色和优势。
环境生物学方向研究特色在于：分子水平上环境污染物的生态效应及其机制研究；生物对环境污染的适应及抗性机制；优先控制污染物的生态基准和标准；有毒工业废水中关键毒物的鉴别新技术；降解高浓度有机废水基因工程菌的构建和跨界融合技术。
环境规划与管理方向长期致力于环境学基础理论、水污染控制战略、可持续发展规划、环境管理与环境政策的研究。在环境基本规律及其内涵、环境科学学科基础理论、可持续发展理论与规划、我国水污染控制战略与实践、环境经济评价的理论和方法、环境评估的公众参与和信息公开化等方面的研究形成特色。
环境工程学科及方向拥有与英国Armfield公司共建的水处理工程开放实验室。研究内容涉及了当今社会主要的环境污染问题，开展广泛的水、固废、气等各方面污染控制和资源化与清洁生产的研究开发工作，特别是长期致力于农药、染料、医药、化工等有毒有机废水处理与资源化研究。研究开发出多项污染治理新技术，达到国内领先和国际先进水平。
党委
书记 孙冶东 主持院党委全面工作
副书记 刘建萍 分管学生工作
行政
院长 毕军 主持院行政全面工作
副院长 杨柳燕 分管本科生教学与培养
副院长 张幼宽 分管淮河水专项有关工作
副院长 任洪强 分管科研工作
副院长 李爱民 分管研究生工作
办公室主任 陈征 负责院办公室日常管理工作
环境科学系主任 张爱茜 负责环境科学系全面工作
环境工程系主任 潘丙才 负责环境工程系全面工作
院长助理 崔益斌 协助分管学院行政和信息化工作
院长助理 许昭怡 协助分管学科建设及发展规划工作
院长助理 柏益尧 协助分管学院行政和信息化工作